هزار سال پس از نابودی زمین توسط بیگانگان غول پیکر "گوانا"، اکنون بشر در سفینه های فضایی عظیم الجثه زندگی می کند. یکی از این سفینه های فضایی "سیدونیا" نام دارد که توسط وسایل برقی بزرگ تحت کنترل خلبانی شجاع به نام "گاردس" محافظت می شود.

جادوگری با موهای قرمز به نام یاگا به همراه گربه دوست‌داشتنی خود در کلبه‌ای در پادشاهی دوردست‌ها زندگی می‌کند. یاگا برای اینکه بتواند از جادو استفاده کند به کتاب طلسم خود نیاز دارد که سال‌ها پیش یک جادوگر شیطانی به نام بلادونا آن را از او ربوده بود..

یک مامور بازنشسته نیروهای ویژه به اسم میسون پتیت وظیفه محافظت از روزنامه نگاری به نام کلر ولینگتون را بر عهده دارد که می‌خواهد...

بانتو از زمان کودکی توسط پدری سخت‌گیر به نام والمیکی بزرگ شده است. اما زمانی که بانتو متوجه می‌شود در بدو تولد با پسر یک خانواده پولدار عوض شده، زندگی‌اش کاملا تغییر می‌کند. حال بانتو تصمیم می‌گیرد از خانواده واقعی خود بدون فاش کردن هویتش، محافظت کند.